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主に平安時代から江戸時代にかけての京都の文化を中心とした文化財を、収集・保管・展示するとともに、文化財に関する研究を行っている。平常展示のほかに特別展が1年に2～3回行われている。1897年（明治30年）に開館。
展示館は宮内省内匠寮技師片山東熊設計の本館（特別展示館）がある。京都大学名誉教授森田慶一設計の新館（平常展示館）があったが解体。平常展示機能を持つ百年記念館（仮称、谷口吉生設計）を建設中。
所蔵品には国宝27件、重要文化財181件（2006年3月現在）が含まれる。また建物自体も、本館、表門（正門）、同札売場及び袖塀が1969年（昭和44年）、「旧帝国京都博物館」として国の重要文化財に指定されており、技術資料参考館（旧恩賜京都博物館陳列品収納用倉庫）が2008年（平成20年）、国の登録有形文化財に登録されている。
平常展示館は現在建替工事中につき、平常展示は休止中。新平常展示館は2013年度の完成予定。
毎週月曜日
※ただし、月曜日が祝日・休日となる場合は開館し、翌火曜日を休館とします。
別展覧会は、特別料金となります。なお、特別料金は展覧会毎に異なります。
京都の文化を中心とした文化財を収蔵・展示している。
《平重盛像》 鎌倉時代（重文国宝
《源頼朝像》 鎌倉時代（国宝）
雪舟 《恵可断臂図》 室町時代（国宝）
狩野元信 《四季花鳥図》 室町時代（重文）
雪舟 《四季山水図》 室町時代（重文）
雪村 《琴高仙人・群仙図》 室町時代（重文）
如拙 《王羲之書扇図》 室町時代（重文）
雪舟 《天橋立図》 室町時代（国宝）
雲谷等顔 《竹林七賢図》 桃山時代（重文）
雲谷等顔 《山水図》 桃山時代（重文）
長谷川等伯 《枯木猿猴図》 桃山時代（重文）
円山応挙 《竹図屏風》 江戸時代（重文）
池大雅 《五百羅漢図》 江戸時代（重文）
尾形光琳 《竹虎図》 江戸時代
俵屋宗達 《風神雷神図屏風》 江戸時代（国宝）
伊藤若冲 《群鶏図》 江戸時代
池大雅 《倣王摩詰漁楽図》 江戸時代（重文）
渡辺崋山 《市河米庵像》 江戸時代（重文）
《阿国歌舞伎図》 桃山時代（重文）
伝狩野永徳 《仙人高士図》 桃山時代（重文）
俵屋宗達 《蓮池水禽図》 江戸時代（国宝）
絵 俵屋宗達 書 本阿弥光悦 《鶴図下絵和歌巻》 江戸時代（重文）
海北友松 《飲中八仙図》 桃山時代（重文）